Sobre esta cuestión, la Real Academia de la Lengua Española rae explica que, en general, ambas construcciones son válidas en nuestro idioma, sin embargo, estas no se pueden emplear de manera indistinta, pues tienen un uso diferente.

En lo que respecta a la grafía malentendido, en una sola palabra, esta hace referencia al sustantivo femenino que se emplea para designar una mala interpretación de las cosas o equivocación en el  ntendimiento de algo; en este caso, el plural de esta voz es malentendidos. Ejemplos: Probablemente fue un malentendido que se podría haber evitado. Algunos malentendidos, en la mayoría de los casos, son mucho más graves que los que no se pueden evitar.

¿Cómo se emplea mal entendido? Es posible la secuencia malentendido, en dos palabras, según la rae en el Diccionario pan-hispánico de dudas, pero esto aplica cuando se trata del verbo entender en participio, es decir, entendido, y cuando se emplea en función adjetivo precedido del adverbio mal, que, por su naturaleza adverbial, se mantiene invariable, aunque el participio esté en plural, especifica la rae. Ejemplos: Opino que fueron celos mal entendidos. Dejaron de hablarse durante varios meses a causa de un malentendido absurdo.

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