Es común que sean confundidas, especial mente porque los correctores de texto automático que, tan frecuente mente, usamos no las reconocen como un error en sí. De modo que a veces ocurre que se utilizan equivocadamente.

Cuándo usar sobretodo:

Sobretodo es un sustantivo masculino; se re fiere a una prenda de vestir larga que se lleva sobre el traje ordinario y que cubre tres cuartas partes del cuerpo y abriga del frío, protege de la lluvia y sirve de corta viento. En Latinoamérica, se usa como sinónimo de abrigo.

Ejemplos:

Vestía un sobretodo ceñido que lo protegía del frío invernal.

Siempre llevaba su sobretodo negro cuando salía de casa.

Cuándo usar sobre todo:

Sobre todo, por su parte, es una locución adverbial constituida por la preposición sobre y el adjetivo todo; se emplea en frases y oraciones como equivalente a especialmente o principalmente.

Ejemplos:

En el pliego de peticiones hacían énfasis, sobre todo, en los últimos dos puntos.

Me gusta venir a este parque, sobre todo los domingos.

Ver además:
¿Antes que nada o antes que todo?