La Junta Central de Vacunación en La Habana fue creada hace 215 años, el 13 de julio de 1804 y el científico Tomás Romay Chacón, quien introdujo la vacuna contra la viruela en Cuba, fue elegido su Secretario Facultativo.

Se estableció a propuesta del médico y militar español, Francisco Javier de Balmis, principal participante en la Real Expedición Filantrópica de la Vacuna, en la que se difundió la vacuna de la viruela en las colonias españolas de América y Filipinas.

La expedición de Balmis comenzó el 30 de noviembre de 1803 y duró aproximadamente tres años. Fue una misión humanitaria que contribuyó a erradicar la viruela en diferentes lugares del mundo.

El 26 de mayo de 1804 arribaron al puerto de La Habana, pero el doctor Romay introdujo la vacuna en Cuba, tres meses antes. No obstante, recibieron al doctor Balmis con grandes honores, el cual sostuvo un amplio intercambio con el científico cubano.

La Junta Central contó, desde su inicio, con juntas subalternas en Santiago de Cuba, Trinidad, Santa María del Rosario, Santa Clara, entre otras ciudades y con vacunadores en la mayoría de los pueblos pequeños. Entre sus funciones principales estaba conservar y aplicar la vacuna, y llevar el control estadístico de sus labores. Los gastos de las Juntas eran sufragados por la Real Sociedad de Amigos del País.

Entre las medidas más importantes de esa época estuvo la vacunación obligatoria a todos los esclavos que llegaban al puerto de la ciudad, antes de venderlos. Si alguno de los integrantes del barco había padecido la viruela, debía permanecer en cuarentena.

El médico Tomás Romay fue considerado el primer higienista cubano debido a su labor de prevención de enfermedades y promoción de la salud. Es reconocido como el iniciador del Movimiento Científico en Cuba por sus importantes aportes en Medicina, Química, Botánica, Higiene, entre otras ramas de la ciencia. Fue la figura principal de esta institución. Al morir, en 1848, las juntas se disolvieron y sus funciones pasaron a la Junta Superior, Provinciales y Municipales de Sanidad.